Ankara Swiss Otel'de gerçekleştirilen kura çekimine Futbol Federasyonu Yönetim Kurulu Üyesi Galip Asal, Futbol Federasyonu Genel Sekreter Vekili Nüzhet Bağış Kiper, Futbol Federasyonu Profesyonel Maçlar Organizasyon Müdürü Ufuk Şepik ile kulüp temsilcileri katıldı.

İkinci Kademe Müsabakaları 32 takımın katılımıyla 20 Eylül 2006 Çarşamba günü yapılacak. Tek maçlı eleminasyon şeklinde oynanacak maçlar sonunda galip gelen takım tur atlayacak. Karşılaşmaların normal süresinin beraberlikle bitmesi halinde, maçlar 15'er dakikalık iki devre halinde uzatılacak. Uzatma süresinde de beraberlik bozulmazsa kazanan takım, seri penaltı atışları sonucunda belirlenecek. 2. turu geçen 16 takım ile Turkcell Süper Ligi 2005-2006 Sezonu'nu ilk 4 sırada bitiren Galatarasay, Fenerbahçe, Beşiktaş ve Trabzonspor'un katılımıyla oluşturulacak 5'erli 4 grupla kupada mücadeleye devam edilecek.Kupada 2. tur kura çekiminde takımlar şöyle eşleşti:

Antalyaspor - Eskişehirspor
Gebzespor - Konyaspor
Bursaspor - Akçaabat Sebatspor
Keçiörengücü - Gaziantepspor
Sivasspor - Alanyaspor
Ankaraspor - Kasımpaşa
Orduspor - Kayseri Erciyesspor
Elazığspor - Ankaragücü
Bucaspor - Sakaryaspor
İstanbulspor - Vestel Manisaspor
Mardinspor - Kayserispor
Karşıyaka - Denizlispor
Gençlerbirliği - Gaziantep Büşükşehir Belediyespor
Siirtspor - Çaykur Rizespor
Gençlerbirliği Oftaşspor - İnegölspor
İstanbul Büşükşehir Belediyesi - Samsunspor